Ένα απονευρωμένο δόντι ενδέχεται να παρουσιάσει πρόβλημα είτε διότι εναπομείνοντα μικρόβια δημιουργούν φλεγμονή στην περιοχή είτε διότι παρουσιάστηκε πρόβλημα κατά τη διάρκεια της απονεύρωσης και δεν ολοκληρώθηκε η διαδικασία σωστά.
Σε περίπτωση που η διαδικασία είναι ελλιπής τότε ενδέχεται η επανάληψη της ενδοδοντικής θεραπείας ώστε να εξαλειφθεί ο μικροβιακός παράγοντας. Αντιθέτως , εάν η ενδοδοντική θεραπεία ολοκληρωθεί βάσει πρωτοκόλλου και το δόντι έχει αποκατασταθεί μόνιμα (μόνιμο σφράγισμα και στεφάνη) τότε σε αρκετές περιπτώσεις ενδείκνυται η μικροχειρουργική αντιμετώπιση της φλεγμονής.